Het Stedelijk verwacht hierdoor flexibeler te kunnen opereren dan als gemeentelijke dienst mogelijk was. De gemeentelijke arbeidsvoorwaarden maakten het bijvoorbeeld kostbaar om buiten kantooruren open te zijn. Ook heeft het museum nu de mogelijkheid om grote uitgaven over meerdere jaren te spreiden, iets wat binnen de gemeentelijke begrotingssystematiek niet mogelijk was.De huidige kunstcollectie van het museum en ook nieuwe aankopen blijven eigendom van de gemeente Amsterdam. De Stichting Stedelijk Museum Amsterdam ontvangt subsidie van de gemeente en is verantwoordelijk voor de aankoop van kunst, het beheer van de collectie en het onderhoud van de tentoonstellingen. Het gebouw aan het Museumplein blijft in eigendom van de gemeente.

De medewerkers van het museum hebben een eigen cao. De cao–onderhandelingen zorgden overigens eerder dit jaar voor een vertraging van het akkoord met drie maanden omdat de museumwerknemers het niet eens waren met het sociaal plan dat de gemeente Amsterdam en de Abvakabo FNV hadden opgesteld.

Het uit 1895 daterende museum is tot medio 2008 tijdelijk gehuisvest in het Post CS–gebouw aan de Oosterdokskade. Het pand aan het Museumplein is tot die tijd gesloten in verband met een ingrijpende renovatie.