Bot sprak tijdens de behandeling van zijn jaarlijkse begroting. De CDA–minister was het eens met het VVD–Kamerlid Van Baalen dat als de Amerikanen liegen over de mensenrechten, dat „consequenties" zal hebben voor de Nederlandse deelname aan operaties. Bot gaat ervan uit dat de Amerikanen de waarheid zullen spreken. „Het komt namelijk toch vroeg of laat uit", zei hij.De EU vroeg de VS deze week opheldering over de berichten over geheime CIA–gevangenissen in Oost–Europa. Bot heeft ook de tijdelijk zaakgelastigde van de Amerikanen om uitleg gevraagd. Hij laat verder onderzoeken wat er waar is van berichten dat CIA–vliegtuigen met „onwettige strijders" als gevangenen aan boord ook in Nederland tussenlandingen hebben gemaakt.

Ook berichten over pogingen van de Amerikaanse vice–president Cheney om de CIA uit te zonderen van antimartelwetgeving baren de Tweede Kamer én Bot grote zorgen. Bot zei dat de Amerikanen in de strijd tegen het terrorisme „de grenzen van de internationale rechtsorde hebben opgezocht".

Bots waarschuwing sloeg op de huidige Nederlandse missies in en rond Afghanistan in het kader van de strijd tegen het terrorisme (Enduring Freedom), maar ook op een nog te nemen kabinetsbesluit over een nieuwe, gevaarlijke NAVO–missie met 1100 mensen in de provincie Uruzgan.

Bot wilde niet zeggen wanneer Nederland niet meer zou willen samenwerken met de VS. „Dat blijft een afweging van de belangen van de strijd tegen het terrorisme aan de ene kant en respect voor de mensenrechten aan de andere kant. We moeten nu niet definitief zeggen: daar ligt het punt waar we niet verder gaan. We zitten met de Amerikanen in operaties, daar gaan we mee door en we leggen de nadruk op een goede behandeling van gevangenen en het nakomen van de Geneefse Conventies."

Bot wil van de Afghaanse president Karzai de verzekering dat Afghaanse gevangenen die door Nederlanders aan de lokale autoriteiten worden overgedragen niet de doodstraf krijgen. De Nederlanders moeten de kans krijgen de gevangenen „te volgen" zodat ze erop kunnen toezien dat ze niet gemarteld worden of verdwijnen.

Ook wil Bot dat er „een redelijke kans" is dat de Uruzgan–missie in twee jaar tijd kan meehelpen aan stabiliteit, een justitieel systeem, een werkend lokaal bestuur, een veilige omgeving voor de burgers en wederopbouw van de regio.

In het debat dienden de PvdA en de VVD uiteindelijk moties in die spraken over het humanitair oorlogsrecht in relatie tot nieuwe militaire operaties. Maar Koenders (PvdA) eiste van het kabinet garanties, waarmee Bot niet kon instemmen. De minister zei niet te kunnen garanderen dat bij een grote VN–operatie niet ergens een militair uit Sri Lanka of Pakistan over de schreef zou gaan. „Als ik dat moet garanderen, maakt dat deelname aan VN–missies onmogelijk. Dan moeten we ons leger gewoon in Nederland laten", aldus Bot.

Een motie van VVD–Kamerlid Van Baalen (gesteund door een Kamermeerderheid van VVD, CDA, D66 en LPF) vraagt de regering er bij de bondgenoten op aan te dringen dat gedetineerden overeenkomstig de Geneefse Conventies worden behandeld. Bot beoordeelde die motie als een ondersteuning van het huidige kabinetsbeleid.