Volgens de advocaten is de rechtbank in Den Haag niet bevoegd Van Anraat te berechten, omdat de hoofdverdachten, onder wie Saddam Hussein, in Irak vastzitten en daar voor de rechter komen. Volgens hen kan ’medeverdachte’ Van Anraat niet in dezelfde zaak door een andere rechter worden behandeld.De Nederlandse justitie is wel degelijk bevoegd Van Anraat te vervolgen en te berechten, meent de rechtbank. Het internationale karakter van het misdrijf dat hij gepleegd zou hebben, maakt dat niet anders.
In internationaalrechtelijke kwesties is het volgens rechtbankvoorzitter R. van Rossum „onvermijdelijk dat de berechting van verdachten over verschillende jurisdicties wordt verdeeld”. Bovendien heeft Nederland volgens het volkenrecht de verplichting dit soort internationale misdrijven te vervolgen.

De verdediging had ook als argument aangedragen dat justitie zich niet aan het gelijkheidsbeginsel houdt. Er is nog een andere verdachte die volgens de advocaten eenzelfde soort rol heeft gespeeld als Van Anraat en die wordt niet vervolgd. De rechtbank stelde echter dat deze man nog altijd als verdachte geldt en dat dus niet gezegd is dat hij nooit vervolgd zal worden.