In oktober 2004 verleende het ministerie de luchthaven een vergunning voor het verhogen van het aantal vliegbewegingen van 16.000 naar 20.000 per jaar. Die verruiming was nodig door het drukkere vliegverkeer naar de offshore olie– en gasplatforms, De energiewinning op zee maakt momenteel een enorme groei mee.Vier milieuorganisaties tekenden bezwaar aan tegen de eerdere vergunning en hebben gedaan gekregen dat eerst de effecten van uitbreiding in kaart komen.

Het intrekken van de vergunning betekent een gevoelige klap voor de luchthaven, die grote gevolgen heeft voor het product dat de luchthaven en Den Helder als geheel levert, zo stelt de gemeente Den Helder donderdag in een brief aan de gemeenteraad. Ook zou het betekenen dat halverwege november 2005 het aantal vliegbewegingen voor dit jaar al is opgebruikt.

De Luchthaven Den Helder, de gemeente, het ministerie van LNV en de vier milieuorganisaties zijn vervolgens tijdens een overleg over het intrekken van de vergunning overeengekomen dat Den Helder Airport zowel in 2005 als in 2006 in totaal 20.000 vliegbewegingen mag uitvoeren. Voorwaarde is dat er een onderzoek wordt gedaan naar een eventuele verstoring van de natuur.

Hierbij worden naast de 20.000 vliegbewegingen van Den Helder Airport onder meer ook de militaire vluchten betrokken, evenals de gevolgen van de N9 op de natuur. Voor 2007 moet een nieuwe vergunningsprocedure worden doorlopen, waarbij de resultaten van het onderzoek worden meegenomen, aldus de gemeente.