Bunschoten is een van de gedupeerde gemeenten bij de bouwfraudeaffaire. Bunschoten bleek voor te komen in de beruchte schaduwboekhouding van Koop Tjuchem en heeft hierdoor in 1994 een schade geleden van 40.000 gulden.De gemeente liet het hier niet bij zitten, waarop het college zich in 2003 aangesloot bij de Stichting Regres Bouwfraude. De stichting behartigt de belangen van gemeenten die schade hebben geleden in bouwprojecten. Na jaren van onderhandelingen is er in juni 2005 een akkoord gesloten.

Besloten is dat de betrokken bouwbedrijven samen een bedrag betalen, waarna de overheden alle procedures beëindigen en geen nieuwe meer starten. De hoogte van het uit te keren bedrag hangt af van de hoeveelheid geleden schade, inclusief het geleden renteverlies.