De school voor praktijkonderwijs begon in 1984 binnen de Rehobothschool als afdeling voortgezet speciaal onderwijs voor moeilijk lerende kinderen. Sinds 1998 valt deze onderwijsvorm onder de Wet op het voortgezet onderwijs. Daardoor stond het schoolbestuur voor de keus: fuseren met het Van Lodensteincollege of zelfstandigheid aanvragen. Gelet op het groeiende aantal leerlingen, was in 2001 verzelfstandiging mogelijk. In 2003 werd de school Johannes de Swaef genoemd om zich te onderscheiden van het speciaal basisonderwijs en de school voor zeer moeilijk lerende kinderen die op hetzelfde terrein gevestigd zijn. De school heeft een samenwerkingsovereenkomst met het Van Lodensteincollege.De nieuwbouw ging in oktober 2003 van start. Naast vier ruime praktijklokalen zijn er onder meer vier theorielokalen, een ruimte beeldende vorming, een kleindierenverblijf, een kas en ruimten voor bestrating en tuinaanleg. De school telt 89 leerlingen, maar het gebouw kan er 112 herbergen. Tijdens de opening werd een hertaalde uitgave van ”De Geestelijke Kwekerije” (1621) van de Middelburgse onderwijzer De Swaef gepresenteerd.

De school is gebouwd door Willemsen & Elbertsen uit Ede. Het ontwerp is van architectenbureau De Jong en Lafeber uit Bennekom.