Zijn legercommandant Idi Amin vestigde een nog wreder regime, nadat de Ugandezen onder Obote al gebukt waren gegaan onder onderdrukking en het martelen van politieke tegenstanders. Na een aanslag op zijn leven in 1969 had Obote alle oppositiepartijen verboden.Toen verdreven Ugandezen vanuit Tanzania en het Tanzaniaanse leger acht jaar later een einde maakten aan de heerschappij van Idi Amin, kon Obote voor een tweede keer als president regeren. Hij kwam als winnaar uit de bus bij de algemene verkiezingen in 1980, die echter werden overschaduwd door verwijten van manipulatie. De dictator moest vijf jaar later, in 1985, opnieuw vertrekken na een staatsgreep door troepen die werden geleid door huidig president Yoweri Museveni.

Obote vluchtte opnieuw naar Tanzania, maar hij bleef leider van zijn Uganda People’s Congress, de voormalige heersende partij van het land. Negentien jaar geleden vestigde hij zich in de Zambiaanse hoofdstad Lusaka, waar hij politiek asiel had gekregen.

In augustus had hij nog aangekondigd dat hij zou aftreden als leider. Ook waren er berichten dat Obote naar Uganda wilde terugkeren. De ex–president zei dat hij zich niet zou laten weerhouden door het dreigement van Museveni om hem bij een terugkeer te laten doodschieten.