In tegenstelling tot andere onderzoeken van de SEC bij enkele grote Amerikaanse bedrijven gaat het in dit geval niet om financiële rapportages die een te gunstig beeld geven van de situatie, maar om rapportages die een beeld schetsen dat mínder gunstig is dan de situatie rechtvaardigt. Microsoft heeft namelijk in de jaren vanaf 1994 tot en met 1999 in gunstige tijden delen van de bedrijfswinst uit de financiële rapportage gehouden en gereserveerd voor slechtere tijden.

In slechtere tijden werden deze reserves dan weer opgevoerd om de tegenvallende resultaten op te pompen. Volgens Microsoft-woordvoerster Caroline Boren is er geen sprake van manipulaties en heeft het bedrijf „z’n rapportageverplichtingen altijd erg serieus genomen.” De SEC meent echter dat Microsoft zich schuldig heeft gemaakt aan een vorm van manipulatie die beleggers onvoldoende inzicht gaf in de werkelijke financiële situatie van het bedrijf. De SEC wil niet kwijt of deze boekhoudkundige praktijk van Microsoft beleggers ooit geschaad heeft.

De kwestie kwam aan het licht, nadat een voormalig accountant van Microsoft het bedrijf ervan beschuldigde de financiële reserves te „manipuleren.” Daarop begon de SEC een onderzoek waarover nooit iets openbaar is gemaakt. Wel werd vier jaar geleden tijdens een juridische hoorzitting een memo bekend van Microsofts toenmalige financiële directeur Michael Brown aan topman Bill Gates. Daarin pleit Brown ervoor om via manipulaties met de reserves „een constant patroon te creëren ten aanzien van onze financiële situatie.” Microsoft heeft volgens insiders nu beloofd zich voortaan strikt aan de regels te houden. De SEC zal het bedrijf geen boete opleggen.