Nederland zou zich echter proberen te herstellen en nog jarenlang wanhopig pogingen doen zo veel mogelijk een vinger in de pap te houden. De zogenoemde politionele acties liggen nog altijd gevoelig.

Pas op 27 december 1949 werd de soevereiniteitsoverdracht ondertekend. „Wij zijn nu naast elkaar gaan staan, hoezeer ook geschonden en gescheurd en vol van littekens van wrok en spijt”, zei koningin Juliana bij die gelegenheid. Zelf zou ze in 1971 een heel geslaagd staatsbezoek aan Indonesië brengen, maar dat van haar dochter in 1995 werd niet echt een succes.

De discussie over het koloniale verleden was in het Nederland van toen -tien jaar terug- weer eens hevig opgelaaid. Ook in Indonesië had een jongere generatie haar gedachten eens over het verleden laten gaan. De 17e augustus werd door Nederland nog steeds niet officieel erkend. De Nederlandse regering durfde het niet aan de Koningin die dag in Indonesië te laten doorbrengen. Dat zou sommige veteranen die na 17 augustus 1945 waren ingezet immers tegen de borst stuiten.

Het bezoek begon pas op 21 augustus en liep de eerste dag al een deuk op door iets dat velen uitlegden als een affront: een ontmoeting tussen Nederlandse en Indonesische veteranen op een Indonesisch ereveld onder toeziend oog van Beatrix ging niet door. De Indonesiërs kwamen niet opdagen. Onder de individuele Indonesische en Nederlandse oud-strijders bestonden toen overigens al lang persoonlijke vriendschappen.

Indonesië is bijna vier eeuwen in Nederlandse handen geweest. In 1569 kwamen de eerste Nederlanders op Java aan. In 1777 was heel Java Nederlands en in de negentiende eeuw kwam de hele archipel onder Nederlands gezag, op Portugees Timor en Brits Borneo na. Er werden soms bloedige gevechten geleverd. De Java-oorlog van 1825 tot 1830 en de Atjeh-oorlog van 1873 tot 1903 zijn daar voorbeelden van. Er stond een forse buit op het spel: 10 procent van het nationale inkomen kwam uit de Gordel van Smaragd. „Indië verloren, rampspoed geboren”, werd er gezegd.

In 1942 werd Nederlands-Indië door Japan bezet. Koningin Wilhelmina beloofde op 6 december dat jaar dat Indië na de oorlog een aan Nederland gelijkwaardige positie zou krijgen in een gemenebest. Maar al lang voor die tijd hadden de nationalisten slechts één doel voor ogen: de volledige onafhankelijkheid. De latere vice-president Hatta zei in 1928 al: „Nederland zal kunnen kiezen: rustig weggaan of er worden uitgegooid.”

De nationalisten zagen hun kans schoon na de capitulatie van Japan op 15 augustus 1945. De archipel was een chaos en de meeste mensen zaten nog in de jappenkampen. Op 17 augustus proclameerden Sukarno en Hatta: „Wij, het volk van Indonesië, roepen hierbij de onafhankelijkheid van Indonesië uit. De formaliteiten voor de overdracht van de macht en andere maatregelen zullen op ordelijke wijze worden uitgevoerd en in de kortst mogelijke tijd.”

President Sukarno richtte een „veiligheidsleger” op. In de chaotische achterban van de jonge en onervaren president ontstonden verschillende strijdgroepen die tekeergingen tegen iedereen die niet voor een onafhankelijk Indonesië was of leek. Legereenheden, losse verzetsgroepen, guerrilla’s en zogenoemde pemoeda’s begonnen met een „nationalistische” terreur, die volgens schattingen aan tienduizenden het leven heeft gekost.

Aanvankelijk wilde Nederland niet met de nationalisten praten omdat zij collaborateurs van Japan zouden zijn geweest. In november 1945 werd de als anti-Japans bekendstaande Sjahrir premier van Indonesië. Hij was een aanvaardbare gesprekspartner en in april 1946 had de eerste conferentie met de nationalisten plaats, op de Hoge Veluwe. Het werd een flop, want de partijen konden totaal niet tot elkaar komen. Intussen gingen de gewelddadigheden van de extremisten door. Vooral op Celebes liepen de zaken uit de hand.

In juli 1946 kwam er een doorbraak met de Malino-conferentie. Die leidde tot het Akkoord van Linggadjati op 25 maart 1947. Er zouden een Verenigde Staten van Indonesië en een Nederlands-Indonesische Unie komen. De unie zou het Nederlandse staatshoofd als baas hebben, maar eigen organen krijgen. Verder zou elke deelstaat zelf voor Nederland of voor Indonesië mogen kiezen.

Indonesië legde het akkoord anders uit dan Nederland en wederzijds wantrouwen laaide op. Toen Nederland in juli 1947 onvoldoende antwoord kreeg op de vraag hoe de rust op Java, Sumatra en Madura hersteld zou worden, werd met de eerste politionele actie begonnen.

Java en Sumatra werden gedeeltelijk bezet en plantages, olievelden en kolenmijnen kwamen onder Nederlandse controle. De Veiligheidsraad riep de partijen op om rond de tafel te gaan zitten. In januari 1948 resulteerde dat in de Renville-overeenkomst, waarbij werd besloten tot een wapenstilstand. Maar ook in de nieuwe situatie bleef het onrustig in de archipel. Op sterk aandringen van de Katholieke Volkspartij (KVP) werd tot de tweede politionele actie besloten. Deze had plaats rond de jaarwisseling 1948-1949. Sukarno en Hatta werden gevangengenomen.

Het werd de Verenigde Naties en de Verenigde Staten te bar. De VS vonden dat West-Europa de krachten beter kon sparen voor de Koude Oorlog en dreigden de Marshall-hulp te stoppen. Op 9 december 1949 aanvaardde de Tweede Kamer de overdracht van de soevereiniteit aan Indonesië met 71 tegen 29 stemmen.