Zijlstra gold als een van de grootste deskundigen op het gebied van de geschiedenis van de doperse beweging in Nederland. Vorig jaar verscheen van zijn hand ”Om de ware gemeente en de oude gronden: geschiedenis van de dopersen in de Nederlanden”, dat inmiddels als een standaardwerk wordt beschouwd.

Zijn proefschrift in 1983 aan de Rijksuniversiteit Groningen droeg als titel ”Nicolaas Meyndertsz. van Blesdijk. Een bijdrage tot de geschiedenis van het Davidjorisme”. In 1996 publiceerde hij een studie naar middeleeuwse intellectuelen in de Friese landen: ”Het geleerde in Friesland – een mythe?”.

Zijlstra was eindredacteur van de Doopsgezinden Bijdragen, het jaarboek van de Doopsgezinde Historische Kring.