Het instituut, zelf genoemd naar Groen van Prinsterer, heeft Nawijn gesommeerd een andere naam te kiezen. De Groen van Prinsterer Stichting gebruikt de naam van Marnix van St. Aldegonde al voor het uitgeven van boeken en commentaren.

Die naam komt van de RPF, die vijf jaar geleden opging in de ChristenUnie. De RPF had een wetenschappelijk bureau dat Marnix van St. Aldegonde-stichting heette. De ChristenUnie vreest dat er verwarring ontstaat als Nawijn met die naam politieke ideeën ventileert.

Aanvankelijk wilde Nawijn voor de denktank de naam van Willem van Oranje gebruiken. De Rijksvoorlichtingsdienst drong er echter op aan die naam niet te gebruiken. Marnix van Sint Aldegonde was vriend en particulier secretaris van Willem van Oranje. Hij is vermoedelijk de schrijver van het Wilhelmus.