Volgens onderzoek van NRC-Handelsblad produceren ten minste twee apotheken het middel dat patiënten gebruiken die lijden aan bloedkanker, lepra-achtige aandoeningen en auto-immuunziekten. Het middel is omstreden omdat het verantwoordelijk wordt gesteld voor de mismaakte kinderen van vrouwen die het tijdens de zwangerschap als slaaapmiddel of antibraakmiddel hebben gebruikt.

In het begin van de jaren zestig werden als gevolg van het gebruik van het middel wereldwijd zeker 10.000 kinderen met ernstige handicaps geboren. Het middel werd vervolgens verboden. In Nederland zijn destijds zestien zogeheten softenonkinderen geregistreerd.

Britse specialisten hebben sindsdien thalidomide bij wijze van proef als slaapmiddel verstrekt aan longkankerpatiënten. Er waren aanwijzingen dat geregelde toediening van het middel de gezwellen kan doen slinken. Het middel wordt niet toegepast bij zwangere vrouwen.