De mis voor de begrafenis van de paus in de Sint-Pietersbasiliek, die om 10.00 uur begon, volgde de gebruikelijke rooms-katholieke liturgie bij uitvaarten. Voorganger was de Duitse kardinaal Joseph Ratzinger, deken van het college van kardinalen. De aanwezige kardinalen waren allen gekleed in rode gewaden.

Voor de uitvaart in Rome hadden honderdduizenden mensen zich verzameld op het Sint-Pietersplein. Elders in de stad volgden nog 3 tot 4 miljoen mensen de uitvaart via grote videoschermen.

Voor de mis werd het lichaam van de paus in aanwezigheid van enkele vooraanstaande kardinalen in een kist gelegd waarop de letter ”M” van Maria stond geschreven. Een ritueel waarin de camerlengo (de kardinaal-schatbewaarder) voorging, begeleidde het sluiten van de kist. Daarbij werd onder meer Psalm 42 gelezen. Op de kist lag het Nieuwe Testament opengeslagen.

De Duitse kardinaal Joseph Ratzinger heette speciaal de jongeren welkom bij de plechtigheid. Daarop volgde een applaus. Ratzinger begroette verder de koninklijke gasten en de tientallen presidenten en premiers die de mis in de open lucht bijwoonden. Ook heette hij de honderdduizenden pelgrims welkom die naar het Vaticaan waren gekomen om bij de uitvaart van de paus te zijn, alsmede iedereen elders in de wereld die rechtstreeks via de televisie getuige was van de plechtigheid.

Ook klonk applaus toen Ratzinger zei dat de paus nooit zijn eigen leven voorop heeft gesteld, maar gehoorzaamd heeft aan de kerkelijke leiding. In zijn persoonlijk getinte toespraak zette kardinaal Ratzinger de paus neer als een man die bleef in de voetsporen van Jezus en Petrus. „Tot op het laatste moment heeft hij zijn leven gewijd aan God en de kudde. Hij heeft heel de menselijke familie gediend.” Ook die opmerking werd begroet met applaus. Ratzinger wees er verder op dat de paus ook werd gewaardeerd voor zijn aandacht voor poëzie en toneelkunst. De paus heeft verscheidene gedichten en toneelstukken geschreven.

De preek werd in totaal negen keer onderbroken door applaus.

Na de preek van Ratzinger deden verschillende rooms-katholieken in verschillende talen voorbede voor de levenden en de doden. „Dat wij ook na het vieren van het heilige mysterie ooit mogen ingaan in Gods glorievolle rijk”, aldus een jonge Portugese vrouw. Tijdens een gebed werd ook de heiligen gevraagd „onze voorspraak te zijn opdat wij niet verloren gaan.”

Donderdag maakte de Vaticaanse persafdeling het testament bekend dat Johannes Paulus II bij zijn dood, zes dagen geleden, heeft nagelaten. „Ik laat geen goederen achter waarvoor het nodig is om een regeling te treffen”, schreef hij in 1979 toen hij begon met het schrijven van zijn testament. De paus vulde zijn laatste wilsbeschikking om de zoveel jaar aan. Het laatste en omvangrijkste deel stamt uit 2000. Het geheel omvat in uitgeschreven vorm nauwelijks vijf A4’tjes.

De paus schrijft dat voor zaken van dagelijks gebruik -vermoedelijk worden meubelen en dergelijke bedoeld- zijn medewerkers wel een doel weten. Alle persoonlijke aantekeningen moeten worden verbrand, geeft de paus ook aan. En waarschijnlijk is aan dat verzoek vrijwel direct na zijn dood uitvoering gegeven. Niet dat daaraan veel wordt gemist: de wereld heeft zijn gedachtegoed met onder andere 14 encyclieken, 44 apostolische brieven en 10 persoonlijke werken wel meegekregen.

De pauselijke nalatenschap betreft dan ook geen materieel, maar een geestelijk testament. Daarin geeft de paus blijk van nostalgische gedachten over zijn familie, maar ook over de „parochie in Wadowice waar ik ben gedoopt, de stad van mijn liefde.”

In 1982 noteert hij de wens om in Polen begraven te worden. Maar drie jaar later ziet hij af van dat plan, en laat hij de beslissing over aan het kardinalencollege. Ook blijkt dat de paus in 2000 met de gedachte speelde om voortijdig terug te treden. Maar die gedachte laat hij ook weer varen, omdat de rooms-katholieke leider vindt dat hij de keus niet mag maken, „daar hij in handen is van de Heer”, aldus de paus. Dat hij een hemelse opdracht had te vervullen, daarvan was Johannes Paulus II overtuigd sinds de net mislukte aanslag op zijn leven in 1981.

Aan het eind van het testament bedankt hij veel mensen. In het bijzonder wordt de rabbijn van Rome genoemd, Elio Toaff, die de gastheer was van Johannes Paulus II toen deze in 1986 als eerste paus uit de geschiedenis een synagoge betrad.