Natuur & Milieu spreekt van een „grote domper” en is „verbijsterd”. Volgens de organisatie worden de plannen om de Nederlandse luchtvaart „in balans te brengen met de belangen van milieu en omwonenden steeds verder afgezwakt”. Directeur Marjolein Demmers benadrukt hierbij dat Schiphol niet onmisbaar is voor de Nederlandse economie: „In verschillende onderzoeken is inmiddels vastgesteld dat Nederland heel goed met een kleinere luchthaven toe kan. Ons land kan voldoende verbonden blijven met de wereld met minder buitenlandse overstappers, minder vluchten en een hoop minder overlast voor mens en natuur.”

Natuur- en Milieufederatie Noord-Holland, Milieudefensie en Greenpeace Nederland laten weten het plan „teleurstellend” te vinden en „weer een klap in het gezicht van de omwonenden van de luchthaven. Bovendien is het slecht nieuws voor het klimaat”. Volgens de milieuorganisaties kiest Madlener met dit besluit de kant van „grote vervuilers KLM en Schiphol en niet van al die mensen die wakker liggen door de herrie van Schiphol”.