De geschiedenis van dit stukje Deventer is rijk en lang en gaat terug tot de achtste eeuw. De uit Engeland afkomstige zendeling Lebuïnus trok richting Salland en stichtte een kerkje in Wilp, een plaatsje in de buurt van Apeldoorn. Later stichtte hij een kerk in Deventer zelf, maar na enkele jaren werd het kerkgebouw in brand gestoken door de heidenen, zoals de geschiedenisboeken de toenmalige bewoners van ons land noemen. Lebuïnus sterft en wordt begraven in de door hemzelf gestichte kerk, die inmiddels was herbouwd. Maar opnieuw zijn het de heidenen die de kerk verwoesten en wel zo grondig dat het later niet mogelijk blijkt de precieze locatie van het graf van Lebuïnus te achterhalen.

De bouwgeschiedenis van de kerk die er nu staat, begint eigenlijk pas echt in 1027, wanneer bisschop Bernold ongeveer op de plaats waar Lebuïnus zijn kerkjes bouwde, een kolossale Romaanse basiliek laat bouwen. Bij opgravingen zijn van deze kerk zo veel resten teruggevonden dat het niet moeilijk is om een betrouwbare reconstructie van het gebouw te tekenen. Een van de belangrijkste overblijfselen van de basiliek van Bernold is de crypte onder het oostelijke koor. Tot op de dag van vandaag is deze crypte goed bewaard gebleven en nog steeds te bezoeken.

Wat de oorspronkelijke functie was van de crypte is nog steeds niet echt duidelijk. Crypta is het Latijnse woord voor ”verborgene”, en waarschijnlijk was hij bedoeld als begraafplaats voor een heilige. Duidelijk is dat er in de crypte van de Lebuïnuskerk een altaar heeft gestaan. Resten daarvan zijn teruggevonden. Later werd het hoogaltaar geplaatst boven op de crypte in het verhoogde koor van de kerk. Volgens prof. dr. A. J. J. Mekking, hoogleraar kunstgeschiedenis aan de universiteit van Leiden, is dit de bouwkundige uitdrukking van het feit dat in de kerk steeds meer de mening postvatte dat de kerk in de plaats was gekomen van Israël. „De crypte staat dan symbool voor Israël, voor de offerdienst in de tempel, en daarbovenop kwam het christelijke altaar te staan in het op het oosten gerichte koor van de kerk. Dat was de plaats waar de kruisdood, maar vooral de opstanding van Christus werd gevierd.”

Nederland heeft, volgens prof. Mekking, drie kerken waar boven op de crypte het altaar geplaatst werd in het koor van de kerk. Het gaat dan om de Pieterskerk in Utrecht, de Lebuïnuskerk in Deventer en de abdijkerk van Rolduc in Kerkrade. In de laatste kerk is aan de versieringen van de pilaren die de verbinding vormen tussen crypte en altaar, te zien dat er bij de bouw werkelijk gedacht werd aan de tempel van Salomo. Versieringen op de pilaren tussen crypte en altaar zijn namelijk geïnspireerd op de versieringen zoals die bekend zijn uit de tempel van Salomo.

In 1578 kwam Deventer in handen van de staatse troepen. Eerst bleef op godsdienstig gebied alles nog zo ongeveer bij het oude, maar in 1580 werd de Lebuïnuskerk hervormd. Alleen tijdens de Spaanse bezetting (1589-1591) en de Franse overheersing (1672-1674) kregen de roomsen hun kerkgebouw weer terug. Na 1580 werden alle „paapse stoutigheden” uit de kerk verwijderd en verdwenen de muurschilderingen achter een laag witkalk.

De kerk werd ook totaal anders ingericht. De nadruk op het Woord maakte dat de preekstoel dwars in het middenschip van de kerk werd neergezet. Het altaar verdween uit het hoogkoor. In de diensten werd tot 1656 niet op het orgel gespeeld omdat dat als strijdig met de geest van de Reformatie werd gezien.

Tijdens talrijke restauraties is het oorspronkelijke interieur van de kerk weer stukje bij beetje hersteld. Maar het hoogkoor boven de crypte bleef leeg. Alleen uit de geschiedenis is dus nog af te leiden dat ooit dit huis van gebed een monument was van de vervangingsleer.