Het ministerie van Sociale Zaken zou de ingrepen in de WAO in breder verband bezien dan het CPB. Zo neemt het planbureau in zijn berekeningen niet de effecten mee van de verplichting voor werkgevers om werknemers ook in het tweede ziektejaar door te betalen. Deze wet is al per 1 januari 2004 ingevoerd. Het kabinet neemt de effecten wel mee, omdat het onderdeel uitmaakt van de afspraken die met sociale partners zijn gemaakt over de nieuwe WAO.

Ook is er discussie over andere afspraken met werkgevers en de vakbeweging. Daarbij gaat het vooral om de verhoging van de uitkering voor volledig arbeidsongeschikten als hun instroom na invoering van het nieuwe stelsel per 1 januari 2006 daalt tot onder de 25.000 per jaar. Ook zou dan de zogeheten Pemba–boete voor werkgevers vervallen, waardoor zij nu nog een hogere premie betalen naarmate zij meer personeel in de WAO laten stromen.

Wanneer de verhoging van de uitkering van arbeidsongeschikten en het afschaffen van de boete worden meegewogen, vallen de besparingen een stuk lager uit. Volgens berekeningen van het kabinet is het nieuwe WAO–stelsel dan niet 1 miljard euro, maar 400 miljoen euro goedkoper dan het huidige.

Eind januari werd bekend dat de Raad van State kritiek had op verruiming van van de criteria, waarmee keuringsartsen straks de herstelkans van werknemers moeten inschatten. Oorspronkelijk wilde het kabinet alleen werknemers die duurzaam arbeidsongeschikt worden in aanmerking laten komen voor een WIA–uitkering. Door het sociaal akkoord dat in november vorig jaar met werkgevers en de vakbeweging is gesloten, kunnen ook arbeidsongeschikten met een geringe kans op herstel volledig worden afgekeurd.