In de Tachtigjarige Oorlog werd Middelburg belegerd door voornamelijk Waalse troepen in dienst van Willem van Oranje. De stad gaf zich over op 18 februari 1574 en vanwege de vele Franstalige soldaten werd de Waalse gemeente al op 19 februari 1574 gesticht. De eerste archiefstukken dateren van 21 mei 1574.

In 1575 werd de kapel van het begardenklooster door het stadsbestuur aan de Waalse gemeente toegewezen. De diensten werden aanvankelijk bezocht door gevluchte Walen en ontwikkelde zich tot een gemeente van Franstaligen waar ook Franse kooplieden en hugenoten naartoe gingen. Daarnaast kwamen er leden van de Middelburgse elite.

In 1940 werd het kerkgebouw verwoest tijdens het bombardement op Middelburg. Het is niet meer herbouwd. De Waalse gemeente kerkte aanvankelijk eerst in de doopsgezinde kerk en gebruikt sinds 2006 de Engelse kerk aan de Simpelhuisstraat, eveneens een kapel van een voormalig klooster.

De Waalse Kerk is ontstaan na de Spaanse veroveringen in de zuidelijke Nederlanden aan het einde van de zestiende eeuw. Toen vluchtten veel calvinisten, onder wie Franstaligen, uit deze gebieden naar het noorden, voornamelijk naar Holland om aan vervolging door de rooms-katholieken te ontkomen. De Walen kwamen in zo groten getale dat zij aparte Franstalige gemeenten oprichtten, in totaal 43 in de loop van de tijd. Deze opereerden zelfstandig van de Nederduitse gemeentes. Eind zeventiende eeuw vluchtten veel hugenoten uit Frankrijk naar Nederland, als gevolg van de herroeping van het Edict van Nantes in 1685. Ook zij werden veelal opgenomen in Waals hervormde gemeenten of ze stichtten nieuwe gemeenten. Hierdoor groeide het aantal Waalse kerken tot tachtig.

Als gevolg van toenemende integratie van deze vluchtelingen in de Nederlandse samenleving, met name in de achttiende eeuw, daalde het aantal Waalse gemeenten. Uiteindelijk bleven er veertien over. Ze maakten deel uit van de Nederlandse Hervormde Kerk. Sinds 2004 behoren ze tot de Protestantse Kerk in Nederland. De laatste jaren sluiten zich Franstalige immigranten uit Afrika bij deze kerken aan.

Naast de gemeente in Middelburg zijn er Waalse gemeenten te Amsterdam, Arnhem/Nijmegen, Breda, Dordrecht, Groningen, Den Haag, Haarlem, Leiden, Maastricht/Heerlen, Rotterdam, Utrecht en Zwolle. De voertaal is Frans gebleven, zowel wat betreft de eredienst als de andere activiteiten. Het aantal leden per gemeente is laag en er zijn maar weinig predikanten in Nederland, waardoor een aantal kerken maar om de veertien dagen een dienst houdt. Wekelijkse diensten vinden plaats in Amsterdam, Den Haag, Leiden en Utrecht.

Er was al vroeg een band tussen de Waalse Kerk en de familie Oranje-Nassau: Louise de Coligny (1555-1620), dochter van Gaspard de Coligny en vrouw van Willem de Zwijger, bezocht net als haar zoon Frederik Hendrik de Waalse kerk van Den Haag, de oude hofkapel aan het Binnenhof. Maurits, de andere zoon van Willem van Oranje, woonde ook regelmatig de diensten bij van de Waalse kerk in Den Haag.