Om op het drukke traject tussen Leiden en Utrecht de hele dag door meer treinen te laten rijden, zijn de afgelopen jaren al diverse aanpassingen aan het spoor gedaan. Meer ingrijpende wijzigingen staan nog in de planning. Zo is het om veiligheidsredenen de bedoeling om op de Burgemeester Smeetsweg in Zoeterwoude, die kruist met de spoorlijn en de N11, via een viaduct een ongelijkvloerse kruising te maken. Het project bevat ook de aanleg van een nieuw station bij Hazerswoude-Rijndijk, onderdeel van de gemeente Alphen aan den Rijn.

Volgens de provincie Zuid-Holland blijven de ambities wat betreft frequenter gebruik van het spoor en de bouw van een nieuw station overeind. Alle onderdelen van het plan worden het komende halfjaar wel herzien, om te bekijken of er goedkopere oplossingen zijn. De lopende bestemmingsplanprocedure voor de ongelijkvloerse kruising wordt gestaakt. „Dit betekent niet dat deze locatie van tafel is voor de aanleg van de ongelijkvloerse kruising”, aldus de provincie.

Over verbetering van de spoorverbinding tussen Leiden en Utrecht wordt al ruim tien jaar gesproken.