Nanninga meldt in haar ontslagbrief dat het „de nadrukkelijke wens” is van „zowel mijzelf als JA21 om in de opbouw van de partij, waarvan ik medeoprichter ben, dubbele mandaten te vermijden dan wel uit te faseren. Deze stap past daarbij”. Als verdere redenen voor haar ontslag zegt Nanninga dat doorstroming en vernieuwing goed is, en dat ze zich wil richten op haar werk in de Senaat en de campagne voor de Tweede Kamerverkiezingen in november. Nanninga staat op nummer twee op de lijst van JA21 voor de Tweede Kamerverkiezingen.

Tot slot geeft ze ook aan dat ze uit Amsterdam wil verhuizen omwille van haar gezin. „Ook als ik niet verkozen word in de Tweede Kamer, zal ik niet terugkeren in de raad.” Ze meldt ook dat het vertrek haar „als geboren en getogen Amsterdammer” zwaar valt.

Onder meer vanwege die dubbele mandaten rommelde het al een tijdje binnen JA21. Vanwege de onvrede in de partij stapten Kamerleden Nicki Pouw-Verweij en Derk Jan Eppink in september over naar de BBB.

Nanninga kwam in 2018 als fractievoorzitter van Forum voor Democratie in de gemeenteraad. In 2020 verliet ze die partij en richtten zij en Joost Eerdmans JA21 op. Bij de gemeenteraadsverkiezingen van 2022 werd Nanninga namens JA21 verkozen tot raadslid in de hoofdstad. Nanninga ziet zichzelf als de „rechtse luis in de pels” van de raad.

JA21 heeft twee zetels in de Amsterdamse raad. Kevin Kreuger is het andere raadslid. Of hij of iemand anders het fractievoorzitterschap van Nanninga zal overnemen is niet bekendgemaakt. Wel zegt Nanninga op X „alle vertrouwen” te hebben in Kreuger en het JA21-team.