Garzon gaf de afgelopen jaren in Spanje leiding aan veel van de grootste onderzoeken naar terrorisme en drugssmokkel. Hij haalde de internationale pers toen hij in 1998 een arrestatiebevel uitvaardigde tegen de voormalige Chileense dictator Augusto Pinochet. Pinochet werd in Londen gearresteerd, maar de door Garzon beoogde uitlevering aan Spanje ging niet door.

Garzon klaagde in september 2003 Osama bin Laden aan als het brein achter de aanslagen van 11 september 2001 in de Verenigde Staten. In verband met de aanslagen zijn inmiddels 39 andere personen in staat van beschuldiging gesteld. De verwachting is dat de processen de komende maanden beginnen.

Garzon gaat in New York vanaf maart colleges geven over nationaal en internationaal terrorisme. Daarnaast gaat hij onderzoek doen.