Voor de uitbreiding werd een groot stuk onder de kerk uitgegraven, aldus Steven Jongma, stadsarcheoloog van Delft. Op die plek werden tussen 1396 en 1829 stadsburgers begraven. Onderzoekers verwachtten voor het graven dat er zo’n 10 kisten bovenop elkaar begraven waren, maar bij de opgravingen bleken dat er soms wel 23 te zijn. De resten uit die 581 graven worden opgeslagen in het archeologisch depot en gebruikt voor DNA-onderzoek. Ook zijn er 237 zogenoemde knekelkuilen aangetroffen. Daarin liggen schedels en lange botten van geruimde graven. Omdat dit resten zijn van meerdere mensen, is het moeilijk hier onderzoek mee uit te voeren. Deze botten worden in een nieuw graf begraven.

In de nieuwe kelder, die verder gesloten is voor publiek, worden twee kisten boven elkaar geplaatst. Er zijn bankjes geplaatst en aan het einde van de gang staat een kast voor urnen. Tot op heden is daar echter nog geen noodzaak voor geweest, want alle overleden Oranjes werden met kist bijgezet. Gijsbert van Hoogevest, directeur van Van Hoogevest Architecten, legt uit dat de kast is neergezet om „toekomstbestendig” te bouwen en „alle mogelijkheden” open te houden.

De Nieuwe Kerk in Delft is de laatste rustplaats voor leden van het koninklijk huis. Onder anderen Willem van Oranje, zijn vrouw Louise de Coligny, prins Frederik Hendrik en zijn vrouw Amalia van Solms zijn in de oude kelder bijgezet. Ook koningin Wilhelmina, koningin Juliana en Beatrix’ man prins Claus liggen er. Beatrix’ zoon prins Friso, die in 2013 overleed na een skiongeluk, was de eerste Oranje sinds 1883 die niet werd bijgezet maar begraven. Dat gebeurde op de Nederlands Hervormde Begraafplaats Hoge Vuurseweg in Lage Vuursche.

In welke kelder prinses Beatrix wordt bijgezet wanneer zij komt te overlijden - er is immers nog een plek vrij in de oude kelder - is niet bekend. Dat heeft te maken met „persoonlijke wensen”, aldus Claudia Hörster van de Koninklijke Verzamelingen. Er is wel mogelijkheid tot het verplaatsen van kisten naar de nieuwe kelder.